#1037(須々木氏)の書き込みを引用します:

***省略

＞と言った感じで設定し、telnetで入って直接count_g1.plを実行すると、
＞無事動作もしますし、counter_g1.logも快調に増えていくのですが、
＞/home/hogehoge
＞に置きました、count_g1.htmが「いらっしゃいませ」のみ表示されて
＞カウンターが表示されないのです。
＞
＞不思議なことにエラーログも出ません。

表示されたHTML文書（ソース）はどうなっていますか？
（特にカウンタの表示する部分）
更新すると、変わっていきますか？
変わって（増えて）行く様なら、GIF画像のパス指定などの問題じゃないかな。

.htaccessファイルに間違いはないように見えますが・・・

＞ちなみに皆さんは、cgiをどこに置いて使っていらっしゃるのでしょう？

割と多いのが「cgi-bin」の中とか・・・
指定のないサイトもありますよ。もちろん。