#1039(須々木氏)の書き込みを引用します:
＞＞表示されたHTML文書（ソース）はどうなっていますか？
＞＞（特にカウンタの表示する部分）
＞なにも表示されていない状態です。
＞そこで「ページのソース」を見ると斜体で、
＞<!--#exec cmd=../cgi-bin/count_g1.pl-->
＞と表示されています。

ほえっ？タグのままですか？
普通はスプリクトの内容に書き変わるんだけどなぁ。
え〜と、なんかおかしいな。

まず、rootの下に/usr/があるのですか？
その下に/pkg/libexec/cgi-bin/となっているのかな？

こんな感じ？
  root
   │
   └─/usr/
        │
        └─/pkg/
             │
             └─/libexec/
                   │
                   └─/cgi-bin/

そうだとしたら、
パスの指定おかしくないですか？

<!--#exec cmd=/usr/pkg/libexec/cgi-bin/count_g1.pl-->

となるんじゃない？
（合っているかは分からないですが）

あと、Perlのパスは合っていますか？

＞何故こんなに苦しむことになるのか、、、？
＞前にやったときはもっと簡単にできたように思うのですが、、、。
＞Apacheのバージョンが上がった為？のような気が、、。

Apacheはわからんです。
バージョンが上がったら、何か変わったとか聞いた様な気もするけど。