#1127(海豚氏)の書き込みを引用します:
＞　やばい事に、ファイルを用意してなかったのでプログラムが勝手にファイルを作成してしまいました。
(中略)

＞ファイルの所有者が「nobody」になっています。
＞これを変更するってのでも良いです。（FTPで削除可能になれば）
＞
＞どなたか宜しくお願いしま〜す。

簡単にいきましょう。
1:直接ファイルを消す場合
基本的にunlinkを使います。
ただ、使う時のファイルの場所は内部的な物なので
http:// ←とかを使わずに相対的に場所を指定したほうがいいです。
unlink "./file.txt";
↑みたいな。

2:ファイルの属性を変更する
chmodコマンドを使います。
chmod 0666,"./file";
↑みたいな。

3:ファイルの所有者を変更
chownコマンドを使います、が…。
chown ("ユーザーID","グループID","./file");
↑となります。
ユーザーIDってのはユーザー名に対応するID番号。簡単に見れるもんでもないので他の手段を使いましょう。

ちなみに、NobodyってのはたいていWebを見るとかのゲストユーザーなので
一瞬だけCGIで置いて起動してすぐCGIを消したほうが安全です。