#1211(sai氏)の書き込みを引用します:
＞CGIのみの呼び出しでは上手く動作しますが、SSIから呼び出した場合現在の
＞カウントのみ表示でカウントがアップしません。
＞原因は恐らくクッキーへの書きこみが出来てないのだと思いますが・・

Cookieが出来ていますか？（ファイルとして）

＞print "Set-Cookie: $cookie_id=$new_cookie; expires=$date\n";
＞print "Content-Type: text/plain;\n\n";

print "Content-Type: text/html;\n\n";
で試してみましたか？