#0647(わかやま神氏)の書き込みを引用します:
＞一度下記の様にしてみて下さい。
＞
＞呼び出しのコマンド指定をフルパスで指定
＞<!--#exec cmd="/cgi-bin/hoge/hoge/access.pl"-->
＞
＞各スプリクトのjcode.plライブラリ読み込み部分をフルパスで指定
＞repuire "/cgi-bin/hoge/jcode.pl"
＞
＞それと、perlのパス指定はＯ・Ｋですか？

Perlの設定はあっています。
それから、指定した通りに変更してみましたが、やっぱり動きませんでした。

ログを取るページ（index.shtml）をaccess.plのあるディレクトリに移動して、
動作確認してみますと、きちんとログを取ってくれますし、CGIも動きます。
（呼び出しのコマンド指定は修正してあります）
よって、「.htaccess」の設定や、パーミッション、Perlの指定は合っていると思われます。

ディレクトリを変えると動かなくなる・・・。
どうしてなんでしょう？
スクリプトを見ても、ディレクトリが関係するような内容は特にないと思うんですけど。

よろしくお願いします。m(__)m