#0884(matu氏)の書き込みを引用します:
＞実行するとなぜか元の
＞ファイルが消えてしまいます。なぜなのか教えてください。

この現象は初めて見ました。うむむ、なぜでしょう。
s/bbb/xxx/ の置換結果は、

aaa
xxx
ccc
ddd

と表示されているのですよね？　もし、この結果も表示されてないなら、
ひとつ考えられるのは、"+<$file" を "+>$file"とタイプミスして
いるのではないかということなんですが…。

置換処理などを何もしないで、

    open(IN, "+<$file");
    close(IN);

のように、オープンしてすぐクローズした場合はどうなりますか？
（普通は、ファイル内容は変わらず、もとのままになります。）