#0996(ひとみ氏)の書き込みを引用します:
＞向学にためにＮＴと98でこのような違いが他にもあったら教えてください。
＞どうしてflock関数が原因になっているのかも教えてください。

flockだけです。(9xとNTで動作が違う)
で、どうしてflockがダメかですが、
Perlのコマンドのいくつかはシステムコール(←よく知らん)を呼び出して動作します。
で、flockはflock(2)を呼び出しますが、9xにはこのflock(2)がありません。
だからエラーが出ます。
9xは一人で使うシステムなのでファイルをロックする必要がないんです。
NTは複数の人が同時にファイルを使う可能性を考慮して作られているので
ファイルをロックする機構が搭載されています。で、flockが動くわけです。

と、こんな感じ？(自信なし)