<!--#exec cmd="count_g1.cgi"-->
となっているところを
<!--#exec cmd="./count_g1.cgi"-->
のようにしてみると動くことがあります。また、これはスクリプト内部でファイルを参照している部分にも影響するので、もしそういう行があったらやはり「./」をファイル名の頭につけてください。